Proses pendidikan pada Prodi S3 ilmu Farmasi UAD, adalah proses pembelajaran yang berbasis riset, sehingga diharapkan lulusannya mempunyai kemampuan mengembangkan ilmu pengetahuan Farmasi melalui riset, sesuai dengan KKNI level 9. Pada awal pendidikan mahasiswa dibekali dengan kemampuan untuk melakukan riset dan mengembangkan ilmu, melalui mata kuliah Filsafat Ilmu dan Peradaban Islam, Metodologi Penelitian, Mata Kuliah Wajib Prodi (Bioinformatika) dan Seminar Usulan Riset. Mata kuliah wajib minat bertujuan untuk memberikan bekal dalam pelaksanaan disertasi. Mahasiswa diwajibkan memilih satu mata kuliah (2 SKS) sesuai dengan disertasi yang akan diambil dari 4 mata kuliah (8 SKS) wajib minat yang disediakan. Pada proses selanjutnya, kemajuan penelitian mahasiswa akan dipantau setiap semesternya melalui Kemajuan Riset, yang dilaksanakan semester 2, 3, dan 4. Struktur kurikulum prodi S3 Ilmu Farmasi dapat dilihat pada tabel di bawah ini. Adapun RPS dapat dilihat di RPS Program Studi Doktor Ilmu Farmasi.

Mahasiswa akan dinyatakan lulus setelah melalui semua proses yang direncanakan dan telah memiliki minimal 1 publikasi di jurnal internasional bereputasi, dan 1 publikasi di jurnal nasional terakreditasi/ seminar nasional, telah lulus ujian disertasi dan IPK minimal 3,00.